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肝素鈉為很好的抗凝血藥，對凝血過程的許多環節都有影響，可延長凝血時間和凝血酶原時間。它不論在體內或體外，都有快速的抗凝血作用，主要作用于纖維蛋白的形成，也可使血小板聚集減少。它可用于預防和治療血栓栓塞性疾病，如：心肌梗塞、肺栓塞、腦血管栓塞、外周靜脈血栓等，可以防止血栓的形成和擴大，還可用于DIC的早期，及其它體內外的抗凝。早期應用可以防止纖維蛋白原和凝血因子的耗竭，也可在輸血時代替枸櫞酸鹽或體外循環時作為體外抗凝血藥。

   現如今心腦血管疾病是人類的頭號疾病殺手。隨著人們生活水平提高帶來的營養過剩、全球環境的惡化、生活節奏加快、人口老齡化加劇，致使全球心腦血管疾病的發病率和死亡率正在逐年的增高，肝素的出現為眾多心腦血管疾病患者創造了生命的奇跡。目前肝素是世界上非常有效和臨床用量很大的抗凝血藥物，主要應用于心腦血管疾病和血液透析治療，其中在血液透析治療中是非常有效的特效藥物。臨床應用及研究顯示，肝素除具有抗凝血作用外，還具有其他多種生物活性和臨床用途，包括降血脂作用、抗中膜平滑肌細胞（SMC）增生、促進纖維蛋白溶解等作用。此外，低分子肝素是由肝素原料藥作為原料進一步加工成的一大類抗血栓的藥物，具有更為廣泛的臨床醫學用途，成為治療急性靜脈血栓和急性冠脈綜合癥（心絞痛、心肌梗塞）等疾病的必選藥物。